Nouvelles technologies et leur exploitation
Code UE : BNF202
- Cours
- 6 crédits
Responsable(s)
Jean-Francois ZAGURY
Josselin NOIREL
Public, conditions d’accès et prérequis
BNF104. Cours s'adressant à des auditeurs ayant déjà acquis un niveau L3 en biologie/bio-informatique
Objectifs pédagogiques
Apprendre à maîtriser les outils et les concepts pour analyser les données génomiques à haut-débit à l'aide de la ligne de commande, R et Python.
Compétences visées
Traitement des masses de données génomiques générées par les nouvelles technologies à l'aide de GNU R, Python, R Markdown, JupyterHub, git.
Contenu
Outils programmatiques (shell, Python) et applications (git, R Markdown, JupyterHub) permettant le déploiement et la documentation de pipelines bio-informatiques modernes.
Recherche d'associations génétiques et méthodes statistiques pour la biologie moderne à haut débit (régression linéaire, valeurs P, classification, winner's curse).
Méthodes de puces de génotypage et séquençage massif de l'ADN (NGS) pour la médecine ou la généalogie génétique (par exemple, scores de risque polygéniques et du séquençage pour le diagnostique par biopsie liquide) avec les outils dédiés, R (suite Bioconductor), les outils Python (par exemple, pysam).
Recherche d'associations génétiques et méthodes statistiques pour la biologie moderne à haut débit (régression linéaire, valeurs P, classification, winner's curse).
Méthodes de puces de génotypage et séquençage massif de l'ADN (NGS) pour la médecine ou la généalogie génétique (par exemple, scores de risque polygéniques et du séquençage pour le diagnostique par biopsie liquide) avec les outils dédiés, R (suite Bioconductor), les outils Python (par exemple, pysam).
Modalité d'évaluation
Examen final sur ordinateurs
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants
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-
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Plus de critères de recherche sont proposés:
- Type de diplôme
- Niveau d'entrée
- Modalité de l'enseignement
- Programmation semestrielle
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Intitulé de la formation |
Type |
Modalité(s) |
Lieu(x) |
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Intitulé de la formation
Certificat de spécialisation Bio-informatique avancée
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Intitulé de la formation
Diplôme d'ingénieur Spécialité Bio-informatique
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Type
Diplôme d'ingénieur
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Intitulé de la formation | Type | Modalité(s) | Lieu(x) |
Contact
Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation
UE
-
-
Paris
-
Centre Cnam Paris
- 2020-2021 1er semestre : FOAD 100%
Comment est organisée cette formation ?Organisation de la modalité FOAD 100%
:Planning
1er semestre
- Date de démarrage : 29/09/2020
- Date limite d'inscription : 02/11/2020
- Regroupements facultatifs : aucun
- Date de 1ère session d'examen : 25/01/2021
- Date de 2ème session d'examen : 19/04/2021
Accompagnement
- Plateforme Moodle
Ressources mises à disposition de l'auditeur
- Documents de cours
- Enregistrement de cours
- Documents d'exercices, études de cas activités
- Bibliographie et webographie
Modalités de validation
- Examen sur table
-
Centre Cnam Paris
-
Paris
Code UE : BNF202
- Cours
- 6 crédits
Responsable(s)
Jean-Francois ZAGURY
Josselin NOIREL